NOUVELLES

« Retour aux nouvelles

drapeau blanc
Gagnante du concours « Ma thèse en 180 secondes à l’UQO » : Valérie Levasseur

Date : 02 avr. 2015 |

 

 

 

Au fil de son parcours académique et de la recherche de sa vocation réelle, notre lauréate (deuxième à partir de la droite sur la photo) a tour à tour flirté avec l’informatique, la chimie et la recherche, pour finalement fixer son choix sur une combinaison informatique/recherche qui sert la médecine !

 

Comme quoi, les petits détours peuvent mener à de grandes destinations…

 

Originaire de la région de Trois-Rivières, mais ayant passé la majorité de sa vie à Gatineau, c’est vers cette ville, et l’UQO, que Valérie s’est naturellement tournée pour effectuer son retour aux études en informatique, et que le professeur Iglewski l’a distinguée et lui a proposé de travailler avec lui sur le projet de recherche EBMPICO, une application Web qui vise la facilitation de la cueillette des données probantes en vue d’utilisation par le clinicien lorsqu’il prend une décision à propos des soins de son patient (voir descriptif complet un peu plus bas).

 

Cette opportunité de projet de recherche a non seulement permis à Valérie de tester les connaissances qu’elle acquérait à mesure que ses études avançaient, mieux encore, elle l’a menée à découvrir sa vocation véritable. C’est ce qui l’a motivée à s’inscrire à la maîtrise en sciences et technologies de l’information à l’automne 2015 et à viser une carrière dans le milieu de la recherche.

 

Le projet de recherche présenté par Valerie dans le cadre du concours « Ma thèse en 180 secondes », le 26 mars dernier, à la semaine de la recherche à l’UQO a mérité le prix « Valorisation » remis par l’équipe d’Aligo au projet représentant le plus grand potentiel de retombées pour la société.

Valérie a découvert avec plaisir la vocation de valorisation de la recherche universitaire qui est la nôtre et a relevé avec enthousiasme le défi duconcours.

 

  • « Faire une synthèse aussi courte d’un projet sur lequel on travaille depuis des années pour des gens de secteurs très diversifiés n’est pas chose simple, mais nous donne un regard nouveau sur ce projet. C’est une bonne façon non seulement de faire la promotion de notre sujet, mais aussi de rencontrer des gens passionnés qui font des choses très intéressantes. » a déclaré Valérie.

     

Pour nous, chez Aligo, nous encourageons le développement et la valorisation de ce type d’innovation répondant à un besoin et ayant une portée concrète. Nous sommes heureux d’avoir participé à ce concours qui constitue une facon originale de reconnaître l’expertise et la qualité de la relève scientifique au Québec.

 

 

Présentation du projet EBMPICO par le professeur Iglewski de l’UQO

 

Lors de la formation des étudiants en sciences de la santé, plusieurs sont initiés à la médecine factuelle (evidence-based medicine), qui vise l’utilisation des données probantes par le clinicien lorsqu’il prend une décision à propos des soins de son patient. Or, un des problèmes reliés à la médecine factuelle est la recherche de ces données probantes; c’est-à-dire la recherche des meilleurs articles médicaux présentant le meilleur niveau de preuve. Le projet qui a été réalisé avait donc pour but d’améliorer la recherche d’articles en tentant d’établir si un article trouvé correspond ou non à la question d’un clinicien par le biais d’une identification des entités sémantiques présentes dans le document et la question.

L’identification d’entités sémantiques se fait à l’aide de l’annotation des articles trouvés dans les bases de données médicales. L’annotation sémantique de textes au sens large comprend l’association de sens au texte des documents par l’insertion de métadonnées dans les documents eux-mêmes. Les métadonnées correspondent en général aux éléments du méta-thesaurus de la médecine appelé UMLS. UMLS (Unified Medical Language System) est une initiative de l’U.S. National Library of Medicine (NLM). Il s’agit d’un système visant, entre autres, l’interopérabilité entre les systèmes d’information biomédicaux. Ce système, constitué de termes, de systèmes de classification et de standards de codification comprend des millions de concepts issus d’une centaine de sources qui sont disponibles à travers le méta-thesaurus. La tâche d’annotation améliore toute exploitation ultérieure des textes annotés, par exemple, l’extraction des entités médicales comme médicament, maladie ou certaines relations entre deux concepts médicaux.

 

L’annotateur développé par Valérie utilise l’Apache clinical Text Analysis and Knowledge Extraction System (cTAKES). L’utilisation seule de cTAKES permet déjà de détecter les phrases, les mots, et les symboles, de départager les verbes des noms et de transformer les mots sous forme canonique en plus de détecter des traitements, des symptômes et des maladies. Or, cTAKES est fait pour les dossiers médicaux informatisés alors que l’annotateur est plutôt utilisé avec des questions cliniques et des articles scientifiques. De plus, l’annotateur intègre le cadre PICO, cadre développé des tenants de la médecine factuelle,  qui facilite la recherche de données par le clinicien en proposant la formulation claire d’une question clinique en termes préétablis. C’est qu’il propose de définir la question clinique en termes de la population et/ou du problème (P), d’intervention (I), de comparaison (C) et de résultats cliniques ou « Outcome » (O).

 

L’annotateur sera ensuite intégré à l’application EBMPICO utilisée présentement par les résidents en médicine pour effectuer une recherche d’articles médicaux pertinents en fonction de sa question clinique tout en intégrant plusieurs principes de la médecine factuelle.

La capture d’écran plus-bas illustre les résultats trouvés par l’annotateur et obtenus à l’aide du service web développé dans le cadre du projet.

 

 

Valérie participe au développement de l’application EBMPICO depuis trois ans. Le projet est subventionné par l’Agence de la santé et des services sociaux de l’Outaouais, l’UQO et le Département de la médicine familiale de l’Université McGill.

 

 

 

 

Partager la nouvelle

NOS INSTITUTIONS PARTENAIRES

Message
Ok
AnnulerConnexion